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＞シェルを一新したら、アーカイブ更新ですよ。
そのレベルまで行ったらアーカイブを更新していないと
いろいろと不具合が出てきそうですが……
というより、クリーンインストールが推奨されそうな気がします

まあ少なくとも、アーカイブ更新は細かく更新をするようなものではないのでしょうね